芬吗通塞阴的副作用是头痛、偏头痛，还有可能会引起不规则阴道出血，同时还可能导致子宫内膜过度增生。所以对于有子宫内膜癌的患者，一般禁止服用，而且还可能会引起血栓，因此对于有静脉血栓，或者心绞痛、心肌梗塞的患者都是禁止服用。因此，用药期间注意休息，不要过度劳累，规律生活饮食。
口服芬吗通分为白色片(内含1mg雌二醇)和红色片(内含2mg雌二醇)，芬吗通红片和白片的区别很明显，白片多为口服，红片多为塞阴使用，另外，芬吗通塞阴和口服的使用时间也不一样，芬吗通口服的最佳服用时间一般在饭后，大多数人都会选择早饭后服用，而芬吗通的使用时间则是在晚上，最好是在睡前使用。
芬吗通塞阴的副作用
芬吗通塞阴主要适用于子宫内膜薄的女性，其主要目的是为了让其子宫内膜恢复正常厚度，临床多用于试管婴儿周期中子宫内膜较薄的女性，以此来改善子宫内膜环境，提高胚胎着床几率，从而提升试管婴儿的成功率，通常情况下，口服芬吗通也能起到增长子宫内膜的作用，且其效果也不比塞阴差，但塞阴用药能使女性子宫内膜增长速度更快，不过这种用药方法也相对危险，稍有不慎就容易出现芬吗通的副作用。
生殖系统
最明显的是对生殖系统和乳房有刺激作用，会出现乳房的疼痛，也会伴有突破性的阴道流血以及盆腔疼痛，有些女性可能会引发皮疹和瘙痒，另外，也会增加静脉血栓栓塞性疾病的发生风险。
神经系统
精神和神经系统反应，有一些女性在吃药之后出现头痛，而且会伴有抑郁、头晕、性欲降低等情况，大多数在服药一段时间后会自然的消失，一定要在专科医生指导下进行，排除使用药物的禁忌症，不可以擅自用药，以免产生不良后果。
值得一提的是，芬吗通无论是塞阴还是口服，都不能忽视其禁忌，芬吗通禁忌人群包括已知或疑有乳腺癌史、已知或疑有雌激素依赖性恶性肿瘤、原因不明的生殖道出血等患者以及妊娠期和哺乳期的女性，而芬吗通饮食禁忌包括辛辣类、生冷类以及刺激性食物。
