鲜胚发育不成囊胚的原因主要包括卵子质量、精子质量、环境因素、胚胎质量问题、胚胎染色体异常等等，其中胚胎质量问题是养囊能否成功的关键所在。胚胎质量不好。如胚胎发育速度慢、胚胎多空泡、胚胎多碎片、卵裂模式异常等，均提示胚胎发育潜能释放受阻，能形成囊胚的机会就很低。
为什么鲜胚发育不成囊胚
卵子成功受精是胚胎形成的第一步，但卵子受精是“优胜劣汰”的过程，只有成熟的、质量好的卵子才能和精子受精形成受精卵，也只有质量好的受精卵形成优质胚胎的几率才较大，才会有较高的囊胚形成率。所以鲜胚发育不成囊胚的原因可以归结于：
卵子质量
准妈妈可能在获卵数及卵子成熟度均属正常，但是卵子存在形态异常、卵周间隙多碎片、胞质内多空泡、透明带严重异常、不成熟卵等情况，都提示卵子的发育潜能可能偏低，不会和精子受精或者异常受精，即使能正常受精，形成的胚胎也会发育慢、质量差，难以形成囊胚。
精子质量
男方精子质量差，如精子数量不够、精子活力不足、精子畸形率过高、精子DNA损伤程度较高等均会影响受精、胚胎发育和胚胎质量，使形成的胚胎质量差、发育慢，降低囊胚形成率。
不利的生活环境
卵子和精子都是人体的细胞，很容易受到自身不粮习惯及外界不粮环境的影响，例如抽烟、酗酒、肥胖、吸毒、辐射、高温、有毒气体等不利于人体健康的因素，均可能影响卵子和精子的质量。
胚胎质量问题
在囊胚培养过程中，不是所有的卵裂期胚胎都能形成囊胚，只有生长发育潜能好(质量好)的胚胎才可以培养成囊胚。
由于传统形态学评估是根据一定的形态学标准和发育速度(靠“颜值”和“个头”)来选择胚胎，不能准确地预测胚胎的发育潜能，即使是胚胎培养第3天评分为8-9细胞的优质胚胎也有可能不会形成囊胚。
数据表明，第3天的“优质胚胎”，有60%左右发育为囊胚，40%左右不能发育为囊胚，所以囊胚培养过程中会出现优质胚胎也没有形成囊胚的情况。胚胎质量也影响囊胚形成的关键因素。
胚胎染色体异常
胚胎染色体状态是胚胎的内在因素，胚胎的形态学评估不能预测胚胎的染色体状态，卵子受精过程易受环境及操作的影响，导致父母源性染色体重组、排列和分离异常，细胞卵裂也存在染色体复制和分离异常的风险。胚胎体外培养过程中，胚胎染色体异常概率约为50%，而高龄患者中染色体异常的概率更高。因此，形态学评估的优质胚胎可能存在染色体异常，影响胚胎发育潜能，造成养囊失败。
虽然囊胚培养会出现囊胚形成率低或养囊失败的风险，但囊胚培养对于试官婴儿患者来说还是利大于弊。囊胚培养是一个优胜劣汰的选择过程，囊胚培养淘汰了劣质，部分染色体异常的胚胎;获得发育潜能好，部分染色体正常的胚胎。对于同一个患者，囊胚移植的妊娠率明显高于卵裂期胚胎移值。
