医院现为一院两址。医院总占地面积10.28万平米，建筑面积21万平米。职工4300余人。床位1900张，拥有59个临床和医技科室，学科设置门类齐全，综合救治能力强大。年门急诊量约380万余人次，年收治住院病人8.9万余人次，手术约3.4万余例次。
医院拥有包括1.5T和3.0T磁共振成像系统、PET-CT、超高端双源CT、全数字直线加速器、数字减影血管造影X线机、数字化彩色超声波诊断仪、平板数字胃肠造影机、全自动生化流水线等医疗设备。
呼吸病学科是国家重点学科，同时拥有重症医学科、麻醉科、心血管内科、职业病科、临床护理专业、呼吸内科、急诊医学科、检验科等8个国家临床重点专科。(重点学科简介见后“九、国家重点学科和国家临床重点专科介绍”)泌尿肾病中心、高压氧科、疝和腹壁外科等特色专科在北京乃至全国具有影响力。医院在以下技术领域在国内具有突出优势，包括：脏器支持技术、器官移植技术、微创手术技术、介入治疗技术、人工假体技术、人工辅助生殖技术、分子生物学与基因诊疗技术。
呼吸与危重症医学科成立于1985年，创始人是著名内科学、呼吸病学专家、中国工程院院士翁心植。经过几代人的不懈努力，呼吸学科亚专业设置齐全、发展均衡、综合实力强，并在肺栓塞与肺血管病、呼吸衰竭与呼吸支持技术、呼吸系感染与新发呼吸道传染病、临床戒烟干预及慢性阻塞性肺疾病、胸膜纵膈疾病诊治等多方面形成了自己显著的临床特色。
作为北京市器官移植中心，该院具有肝、肾、肺三个器官移植资质。目前，完成肾移植4000余例，存活率超过94% 。完成肝移植752例，围手术期存活率95.9%。
设于该院的诊疗及临床质控中心还有：国家化学中毒救治基地临床部、北京市多发性骨髓瘤医学研究中心、北京市临床检验中心、北京市法医物证鉴定中心、北京市高压氧治疗研究中心、北京市职业病与中毒医学中心、北京市化学中毒救治基地、北京市职业病诊断质量控制和改进中心、北京市医学检验质量控制和改进中心。
医院重视学科建设和研究平台建设，出台了《科研工作奖励办法》等一系列科研激励政策。建有国际先进水平的研究中心，为全院的转化医学研究提供了平台。近年来，该院先后承担国家科技攻关项目、863计划、973计划、科技部重大专项、国际合作重点项目、国家自然科学基金、国家SARS防治紧急科技行动项目、卫生部等各级科研项目及课题，年均获得各类科研经费五千余万元，年发表SCI论文300余篇。十年间，获得国家级、省部级等各级奖项共计40余项，在“New Engl J”、 “Lancet”、“Circulation”、“Chest”等国际医学权威刊物上发表学术论文30余篇。
医院加大人才培养力度，出台促进人才成长的一系列相关政策，建立人才培养长效机制。吸引海外优秀人才。以落实“1351人才培养计划”为抓手，加强各层次人才队伍建设。近年来，医院培养、引进国家级高层次人才50人次，省部级高层次人才203人次。
设于该院的研究机构有：北京市呼吸疾病研究所;北京市呼吸和肺循环疾病重点实验室;北京市高血压研究重点实验室;北京市呼吸与危重症诊治工程技术研究中心;心肺脑复苏北京市重点实验室;妇产科疾病免疫学转化研究北京市国际科技合作基地。首都医科大学心血管疾病研究所;首都医科大学泌尿外科研究所;医院承办《中国病案》、《国际移植与血液净化杂志》、《中华疝和腹壁外科杂志》、《心血管微创医学杂志》等核心期刊。
首都医科大学国家生命科学与技术人才培养基地挂靠在我院有5个学系：急诊医学系、麻醉学系、临床检验诊断学系、骨科学系、血液病学系。医院承担着五年制、长学制和留学生六年制的临床教学;25个博士研究生培养点、30个硕士研究生培养点的工作;有硕士生导师145人、博士生导师54人。承担护理大专、本科、硕士研究生的教学工作。有国家卫计委和北京市卫计委住院医师规范化培训基地26个，承担住院医师规范化培训等多项教学任务。呼吸与危重症医学专科，心血管病学专科于2017年度认定为国家专科医师规范化培训制度试点培训基地，已开始招生。有国家级、市级、区级继续医学教育项目200余项。每年接收来自全国各地进修生700名。
医院建立并落实现代医院管理制度。建立现代医院管理制度，推行扁平化、精简高效的行政管理机制，建立大部制推行主诊医师负责制，探索以治疗小组为单位的床位动态管理和考核的运行机制。建立灵活的用人机制，在全院范围内推行岗位管理、评聘分开。实施护士岗位垂直管理，按需设岗、按岗聘用，细化护理人员绩效分配方案。完善绩效考核体系，调整薪酬结构，着力体现医务人员的技术劳务价值，充分调动广大医务人员的积极性。
加强医疗质量与安全管理。督察医疗核心管理制度落实，加强病案质量管理和处方管理，严格医院感染防控、监测及传染病疫情管理，强化医患沟通教育，树立医疗安全意识，建立医疗纠纷的早期干预机制，开展法律法规培训，增强医务人员的法律、责任意识，降低医疗纠纷发生率。发挥信息技术优势，建立我院医疗质量管理体系。加强不良事件上报和危急值报告制度落实。完善医务人员培训考核体系。
推进预约诊疗、分时段就诊，有效分流就诊患者。科学安排各专业出诊医师数量。全面推行日间手术。开设症状门诊。畅通急救绿色通道。全面实施优质护理服务，加强危重症护理、围术期护理、移植护理。
提高医院运营管理水平，使用预算管理模块工具，严格预算管理，坚持以收定支;通过成本分析信息化手段，强化成本核算与控制，有效降低医疗和医院运行成本;利用信息化手段，加强精细化管理。实现以电子病历为核心的医疗过程信息化管理，构建了支持医院整体运行管理的医院精细化管理平台，实现医院运营管理中的人财物的统一管理。利用物流信息系统，实现高值耗材一物一码，低值耗材的领用管理。
作为公立医院改革的综合试点单位，医院承担的各项改革试点任务主要是：建立法人治理运行机制、推行医药分开、开展医保付费机制和财政价格补偿机制改革，持续优化服务流程、创新服务模式。
2012年7月，在所属医院中成立首家医院理事会。以理事会为核心的法人治理结构实现了公立医院所有权和经营权两权分离的委托代理关系，构建起决策、执行、监督相互分工、相互制衡的权力运行机制，提高了科学决策的水平，保障了医院的公益性。
2012年9月，启动“医药分开”试点工作。取消药品加成、挂号费、诊疗费，设立医事服务费。强化合理用药，实现患者减负，医保基金可承受，医院收益不减的良好效果。
2011年，启动医保总额预付制、按病种分组付费(DRGs)等医保付费机制改革试点，制定并完善临床路径和诊疗规范，促进规范医疗行为，医务人员合理检查、合理治疗的意识普遍增强，医疗费用增长势头得到合理控制。
创新服务模式，优化服务流程。医院开展预约诊疗、分时段就诊， “通柜式”服务，实施无假日门诊与夏时制门诊，建立医疗联盟等措施，门急诊服务挂号、交费、候诊时间“三长”显著缩短，推进分级诊疗，使群众获得更便捷、更优质的医疗服务。
2017年4月8日零时，在2012年试点实施医药分开改革的基础上，正式实施北京市医药分开综合改革，医药分开、医疗服务价格调整、药品阳光采购，三项改革同步进行，信息系统顺利切换，各项工作平稳运行。
