南通大学附属医院始建于1911年，由爱国企业家的典范、民族企业家的楷模、民营企业家的先贤张謇先生携其兄张詧创建。2004年南通大学组建成立后更名为南通大学附属医院。目前是江苏省属综合性教学医院、省级综合类医疗中心、江苏省研究型医院、江苏省高水平重点建设医院、综合性大学直属附属医院，是具有区域影响力的长三角北翼和沿海经济带高水平医疗服务高地。
1994年首批获评为三级甲等综合性医院，1998年被确定为国际紧急救援中心网络医院。近年来，医院先后荣获全国文明单位、全国改善医疗服务示范医院奖、全国节约型公共机构示范单位等荣誉称号，医院党委先后获评江苏省先进基层党组织、南通市先进基层党组织、江苏省卫生系统先进基层党组织、江苏省教育系统先进基层党组织等。
医院西院区（老院区）占地面积146亩，建筑面积23.8万平方米，目前实际开放床位2478张。东院区（新院区）占地面积281亩，建筑面积56.6万平方米，规划床位2500张，于2024年5月投入使用。2023年总诊疗人次280.64万，出院病人15.9万人次，住院手术6.8万台次，三四级手术占比80.97%，四级手术率38.33%，平均住院日6.1天。现有职工4000多名，高级职称885人（其中正高级职称356人、副高级职称529人），中国工程院院士1名，享受国务院特殊津贴专家21人，博士生导师41人、硕士生导师383人。
在近三年国家卫生健康委公布的全国三级公立医院绩效考核结果中，医院连续获得A+、连续跻身全国百强，其中2022年度医疗质量、运营效率、持续发展、满意度评价等4个维度26个国家监测的核心指标成绩再创新高，位列全省第四。以医院为主体的南通大学临床医学学科为江苏省重点学科、博士学位授权一级学科，ESI排名位列全球前2.1‰，且排名不断前移。
现有国家临床重点专科建设项目2个，省医学创新中心、省临床医学研究中心、省临床医学中心各1个，省医学重点学科5个，省质量控制中心4个，省级临床重点专科30个，省级中医重点专科（Ⅰ类）建设项目1个。医院首批通过国家卫计委干细胞临床研究机构认证，是国家高级卒中中心、中国胸痛中心、心衰中心、房颤中心，江苏省胸痛救治中心、创伤救治中心、卒中救治中心，江苏省孕产妇危急重症救治指导中心和江苏省新生儿危急重症救治中心。现任国家级学会专科分会委员及以上职务236人次，其中专科分会副主任委员及以上职务23人次，省级学会副会长、专科分会副主任委员及以上职务175人次，其中省医学会占38人次，省医学会专科分会前任主任委员3名，主任委员6名，候任主任委员3名。
医院高举中国特色社会主义伟大旗帜，坚持以习近平新时代中国特色社会主义思想为指导，深入贯彻党的二十大精神和习近平总书记对江苏工作的重要讲话重要指示精神，认真落实新时代党的卫生健康工作方针，秉持“大医精诚 以宏慈善”院训，传承高质量发展的梦想，坚持“一个目标”，即全面建设省内顶尖、国内一流，医、教、研、管四核驱动的高水平研究型医院；突出“两个中心”，即医疗服务和员工福祉的中心地位；筑牢“三个基础”，即人才、团队、学科基础；打造“四项支撑”，即质量、技术、服务和运营支撑；秉持“五种理念”，即务实、特色、创新、同治、共享理念，实施“六大战略”，即精品服务战略、学科登峰战略、人才辈出战略、技术引领战略、科创突破战略、员工福祉战略；全面开启医疗强院“提质工程”、专科举院“筑峰工程”、科教兴院“强翼工程”、管理治院“智慧工程”、人才强院“荟萃工程”、公益铸院“怀民工程”、文化润院“品牌工程”、员工立院“幸福工程”等八大工程。积极践行为千万江海百姓的健康与生命保驾护航、为千万江海百姓享受美好生活提供更高生命质量和更长生命周期的初心与使命，为实现“健康南通”“健康江苏”“健康中国”作出积极贡献，助力谱写“强富美高”新江苏现代化建设新篇章！
