福建医科大学附属第二医院始建于1881年，原名“惠世医院”，系英国基督教长老会创办。1973年整建制划归福建医科大学，更名为福建医科大学附属第二医院。医院是福建省首批通过卫生部评审的三级甲等综合医院之一，是我省主要的医疗、教学、科研、毕业后教育基地之一，是博士、硕士研究生学位授权点单位、国家级博士后科研工作站，是福建省首批省级区域医疗中心建设单位。在全国三级公立医院绩效考核评价中三次进入全国前10%，等级A+。医院荣获第六届“全国文明单位”荣誉称号。
医院设鲤城和东海两个院区，鲤城院区占地24.57亩，东海院区占地322.6亩；规划建设台商投资区院区，占地280亩，规划床位2000张。医院编制床位2000张，年门急诊量近180万人次，住院量10万余人次，年住院手术与操作9万余台次。现有员工3100余人，其中正、副高职称481人，博、硕士794人,医师中具有博士、硕士研究生学历占总数75%，博士生导师23人，硕士生导师151人，教授、副教授163人。在国际学会任理事、委员等学术任职2人，国家级学（协）会委员以上学术任职90人次、省级学（协）会副主任委员以上学术任职43人次。
医院历来以外科技术精湛著称，上世纪四、五十年代率先在泉州地区开展大、中型外科手术，并为泉州地区培养了大批医学骨干力量。近年来，医院学科建设取得长足发展，呼吸与危重症医学科、普通外科、眼科等3个专科被列入国家临床重点专科，拥有福建省呼吸医学中心、免疫学和变态反应专业、皮肤病专业、超声诊断专业、肿瘤科（中西医结合）、普通外科、麻醉科、内分泌科、眼科、临床护理、泌尿外科、消化内科、检验科、临床药学、心血管内科、神经外科、重症医学科等17个省级临床重点专科。
医院获颁国家人力资源和社会保障部博士后科研工作站，是国家药物临床试验机构，与美国Salus大学合作成立国际联合低视力康复教育中心，入选全国首批专科医师规范化培训基地、中国医师协会呼吸内镜医师培训基地、国家呼吸临床研究中心核心成员单位、福建省呼吸系统疾病介入诊疗临床医学研究中心，获全国首批PCCM科规范化建设三级医院优秀单位，承担“省域重大疾病诊疗能力提升项目（肺癌综合诊疗）”。是中国辅助技术研究所视障辅助技术研究中心、福建省低视力康复指导组、福建省视障康复技术指导中心；获国家级皮肤医疗美容示范基地、国家心血管疾病诊疗质量监测基地、国家心肺预防与康复协作网示范中心、国家卵巢癌规范诊疗质量控制试点中心、全国首批淋巴瘤诊疗质量控制试点单位、国家级急性上消化道出血救治快速通道救治基地、国家高级认知障碍诊疗中心（建设）单位、中国心衰中心认证单位、全国临床药师培训基地、国家卫生计生委脑卒中筛查与防治基地、中国卒中学会综合卒中中心、国家卫计委脑防委高级卒中中心、中国胸痛中心认证成员单位、中国肺癌联盟肺结节诊治分中心、国家标准化代谢性疾病管理中心、中国糖网筛防中心、骨质疏松症防治合作基地、国家痛风规范诊治中心、骨科机器人远程手术中心创建单位、全国静脉血栓防治中心优秀单位、全国出生缺陷防治人才培训项目培训协同单位、国家药品不良反应中心哨点医院、中华医学会骨密度测量质量控制合格认证单位等，人类生殖辅助技术IVF通过国家资质评审，是中国妇幼保健协会“母婴友好医院”、福建省产前诊断中心、福建省危重症孕产妇转诊救治网络医院、泉州市疑难急危重症和孕产妇抢救中心等。
医院作为福建医科大学第二临床医学院、国家级住院医师规范化培训基地和省级医学继续教育基地之一，设有16个专业国家级住培基地、1个国家级专培基地、27个医学教研室。医院依托睡眠医学省高校重点实验室、视障辅助技术福建省高校工程研究中心、福建省肺干细胞重点实验室、福建省呼吸系统疾病介入诊疗临床医学研究中心、泉州市恶性肿瘤临床研究中心、神经调控代谢性疾病研究中心、临床医学研究中心、临床分子诊治研发中心、干细胞实验室和中心实验室，大力开展医学科学研究。“十三五”以来，获各级科研课题立项905项，承担国家级项目课题22项，获科技成果奖34项，其中省部级科技成果奖6项。
医院在全省率先引进“天玑”智能骨科手术机器人，拥有PET/CT、双源CT、128排高端CT、3.0磁共振（MRI）、单光子发射计算机断层扫描仪（SP-ECT）、直线加速器（LA）、放射治疗后装机、三维定向经皮穿刺导航机器人、数字减影血管造影机（DSA）、高端手术显微镜、支气管导航系统、术中导航超声仪、高端多普勒超声仪等先进医疗设备。医院有层流净化、数字一体化、现代化手术室，设置有百级数字化手术室系统。
医院高度重视与国内外的学术交流，与美国纽约大学、日本山梨医科大学、日本鹿儿岛大学、荷兰自由大学、台湾长庚科技大学、英国皇家国立骨科医院、美国加州大学、新西兰奥塔哥大学、美国希望之城医院、美国纽约西奈山呼研所、意大利米兰大学等机构及学者建立了合作关系，聘任数十名国内外专家作为医院客座教授、特聘教授、高级专家。
医院荣获第六届全国文明单位、全国公立医院高质量发展医疗服务能力提升项目建设单位、全国卫生健康思想政治工作标杆单位、全国改善医疗服务创新医院、福建省五一劳动奖状、福建省平安医院等荣誉。
