医院历史可追溯至1888年英籍埃及人巴阿美（A. Falmy）在漳州创办的福音医院。1936年12月，英国伦敦公会、英国长老会、美国归正宗教会、中华基督教闽南大会和中华基督教漳州区会，在福音医院的基础上合办漳州协和医院。1949年12月漳州协和医院从马公庙搬迁到漳州市医院现址。1952年1月29日漳州协和医院并入福建省第六专区人民医院，医院改称为龙溪专区医院（后称龙溪地区医院）。1986年改名漳州市医院。
在市委、市政府的关心重视下，现已发展为医疗、教学、科研、预防、保健、康复和急救为一体的三级甲等综合性公立医院，是福建医科大学非行政隶属附属医院，也是华中科技大学同济医学院和福建中医药大学的教学医院。2012年5月被确定为“卫生部脑卒中筛查与防治基地医院”，“福建省院士专家工作站”揭牌。担负着漳州市辖区近500万群众的疑难重症的抢救、医疗任务，被卫生部授予“国际紧急救援中心网络医院”。
医院占地面积78亩，建筑面积98865平方米，编制床位1056张，实际开放床位1407张，年门急诊量148.6万人次，住院量6.98万人次，手术量3.17万台次。临床医技科室40个，病区28个，职能科室15个，附设漳州市肿瘤研究所及眼科中心。拥有13个福建省住院医师规范化培训基地，1个省级急诊急救专科护士培训基地。
医院重视建设政治素质高、医术精湛、医德医风好、结构合理的人才队伍。全院职工2271人，其中，正、副主任医师169人，福医大兼职教授13人、兼职副教授43人，硕士学历212人，博士学历8人。享受国务院政府特殊津贴1名，博士研究生导师1名，硕士研究生导师2名。
医院注重学科建设和技术创新，大力引进和开展新技术、新项目，整体医疗水平显著提高，形成院有重点、科有特色、人有专长的良好格局。血液科、肾内科、普外科、产科、骨科、泌尿外科、神经外科是本院的重点学科。肿瘤综合治疗、胸心外科、心血管内科、显微外科、脊柱外科、神经科、妇产科、眼科、耳鼻喉科、口腔科、血液透析等专业在本地区处于领先地位。开展体外循环心脏不停跳心内直视手术、冠状动脉搭桥术、冠状动脉造影术、经皮冠状动脉腔内成形术(PTCA)等心脏手术，自体肝移植手术，异基因造血干细胞移植术、自体造血干细胞移植术、射频消融术、血浆置换术、新生儿重症救治，以及腔镜、微创、介入等高新技术项目达到省内外先进水平。近年来，获福建省、漳州市科技进步奖65项，各级科研项目立项100余项。
拥有先进的飞利浦1.5T超导型磁共振2台、64排螺旋CT 1台、128层CT 1台、SPECT/CT 1台、大型心脑血管造影系统(DSA) 2台，彩超、直线加速器、全自动生化分析仪、腹腔镜、胸腔镜、关节镜、电子胃镜、胶囊内镜、超声内镜、数字乳腺摄影系统、口腔X线计算机体层摄影系统、光学相干断层成像仪、高压氧舱等大型先进设备和齐全的常规检查设备，医疗设备总价值达4.37亿元，为临床诊疗水平的提高提供有力的保障。4个装备良好的重症监护病房为急危重症患者的抢救提供良好的条件。正在建设中的外科大楼占地面积3312.6平方米，总建筑面积54548.98平方米，设有800张床位。
医院始终坚持“以病人为中心、以质量为核心”的服务宗旨，秉承“精诚博学、仁爱致远”的院训，不断提高医疗质量和服务水平。先后荣获“全国精神文明建设先进单位”、“全国文明单位”、“全国院务公开示范点”、“全国模范职工之家”、全国优秀价格监测定点单位、外科ICU荣获“全国巾帼标兵岗”等多项荣誉。
